确山县的机构设置包括以下单位：
1. 县委办（县委办公室）
2. 县人大办（县人大常委会办公室）
3. 县政府办（县人民政府办公室）
4. 县政协办（县政协办公室）
5. 农业农村局
6. 纪委机关与监察委（合署办公）
7. 机构编制委员会办公室
8. 审计局
9. 检察院
10. 人民医院
11. 其他单位如卫生局、教体局、科技局、民族宗教局、外侨办、信息中心、药监局、石油公司、保险行业等。
确山县的某些单位在特定领域有显著成就或特色，例如：
农业农村局被命名为“全国农业综合行政执法示范单位”。
纪委机关与监察委合署办公，具有20个内设机构和1个下属事业单位。
确山县人民医院拥有高层次医疗卫生人才。
检察院被评为“优秀县河长制成员单位”。
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