海关稽查的目的主要包括以下几点：
监督进出口活动的真实性、有效性和合法性：
通过对被稽查人的会计资料、报关单证及其他相关资料和进出口商品进行具体稽查，确保企业进出口活动的合规性。
规范企业进出口行为：
通过有计划、分步骤的稽查，全面规范企业的进出口行为，提高企业的守法自律意识。
防范违法行为：
发现和减少企业违法行为的发生，维护正常的进出口秩序。
维护国家主权和利益：
保护本国经济发展，查禁走私和违章案件，防止病毒菌物品入境。
保障国家税收：
通过查发企业问题，确保国家税收不受侵害。
打击走私犯罪：
海关是打击走私的主管机关，通过查缉走私，维护国家进出口贸易的正常秩序。
优化进出口环境：
对不法企业实施严厉打击，为守法企业建立公平公正的营商环境。
国际通行的海关监管制度：
将海关管理延伸到企业内部和货物通关放行后，丰富和完善海关监管体系。
精准监管和智能监管：
在海关通关一体化改革下，实现精准监管和智能监管，提升海关后续监管效能。
核查贸易实质：
通过外部审计方式，核查被稽查人的单证流、货物流、资金流，还原贸易实质，实施后续监管。
海关稽查是确保国际贸易顺畅、维护国家利益、促进经济发展和确保法律法规得到遵守的重要手段