哲学系毕业生在部队中可能有以下职位选择：
军队院校教员：
从事哲学教学工作。
政治工作：
在军队中参与政治相关工作。
理论研究工作：
学历较高的毕业生可能从事军事理论研究。
高教岗中的哲学教学与研究的岗位：
在高等教育机构中从事哲学教学和研究。
管理岗中的政治工作：
参与军事管理中的政治方面的工作。
社会关系研究或战略研究：
根据个人兴趣，可能从事军事社会关系或战略方面的研究。
需要注意的是，哲学专业毕业生在部队中的具体职位可能受到多种因素的影响，包括个人兴趣、能力、以及军队用人需求等。此外，国防生毕业后通常需要服从军队分配，可能会被派往基层工作，而不仅仅是从事哲学相关的研究或教学。