南京大学作为一所历史悠久的顶尖综合性大学，确实面临了一些挑战，导致其地位和排名出现变化。以下是南京大学可能面临没落的一些原因：
院系调整：
20世纪中国高校经历了院系大调整，南京大学的一些强势专业被拆分，导致其工科实力减弱。
人才流失：
近年来，南京大学的一些著名教授选择跳槽到其他学校，可能是因为其他学校提供了更丰富和诱人的条件。
地理位置：
虽然南京整体不错，但与其他大城市如北京相比，地理位置可能不是南京大学的一个明显优势。
学科设置：
南京大学在工科、农科、医学等方面相对较弱，与其他综合性大学相比，学科设置不够全面。
经费问题：
经费不足可能影响科研投入和学科建设，与其他985高校相比，南京大学在经费预算方面可能处于不利地位。
合并机会的错失：
在高校合并潮中，南京大学没有像其他一些985高校那样通过合并增强实力。
宣传方式：
南京大学相对低调，没有像其他一些大学那样进行社会化、商业化、娱乐化的宣传，这可能影响了其社会认知度和吸引力。
省内竞争：
江苏省内有多所著名的工科院校，如东南大学、南京理工大学等，这些学校可能会分散省内对南京大学的支持和经费。
需要指出的是，尽管南京大学在某些方面面临挑战，但它依然是中国高等教育的重要组成部分，并在多个学科领域有着突出的表现和较高的声誉。