南昌海关包括以下单位：
1. 九江海关
2. 赣州海关
3. 吉安海关
4. 景德镇海关
5. 新余海关
6. 鹰潭海关
7. 上饶海关
8. 宜春海关
9. 萍乡海关
10. 现场业务处
11. 驻高新技术产业开发区办事处
12. 驻龙南办事处
13. 驻昌北机场办事处
14. 九江教育培训基地
15. 机关服务中心
16. 数据分中心
17. 内设缉私局（副厅级）
18. 办公室（下设副处级法规室）
19. 监管通关处
20. 关税处
21. 综合统计处
22. 审单处
23. 稽查处
24. 人事教育处
25. 技术处
26. 财务处
27. 政工办（机关党委）
28. 监察审计室
此外，南昌海关还包括南昌昌北机场海关、赣江新区海关、青山湖海关等下属海关单位