新疆网信办的主要职责包括：
1. 落实互联网信息传播方针政策和推动互联网信息传播法制建设。
2. 指导、协调、督促有关部门加强互联网信息内容管理。
3. 负责网络新闻业务及其他相关业务的审批和日常监管。
4. 指导有关部门做好网络游戏、网络视听、网络出版等网络文化领域业务布局规划。
5. 协调有关部门做好网络文化阵地建设的规划和实施工作。
6. 负责重点新闻网站的规划建设，组织、协调网上宣传工作。
7. 依法查处违法违规网站。
8. 指导有关部门督促电信运营企业、接入服务企业、域名注册管理和服务机构等做好域名注册、互联网地址（IP地址）分配、网站登记备案、接入等互联网基础管理工作。
9. 在职责范围内指导各地互联网有关部门开展工作。
新疆网信办通过制定方案、视频调度、督导落实等方式推进网络综合治理体系建设，并整合网信系统资源、力量，实现一体联动、系统推进。此外，新疆网信办还开展法治宣传教育，如“八五”普法期间，与多部门联合成立大学生网信普法志愿服务队，推动网络普法进校园活动。