在比较南通大学和扬州大学哪个更好时，可以从以下几个方面进行考量：
排名情况
扬州大学在全国的排名通常位于南通大学之前。
学科与专业
扬州大学的学科建设更丰富，院系设置更多，师资力量雄厚，特别是在兽医学、化学、农业科学等学科在国内有较高声誉。
南通大学的医学院在国内比较突出，临床医学、语言文学、工程学等学科在地方及邻近地区享有一定知名度。
学校属性
扬州大学是江苏省属重点综合性大学，江苏高水平大学建设A类高校，全国首批博士、硕士学位授予单位。
南通大学是江苏省属综合性大学，江苏高水平大学建设B类高校。
地理位置
扬州大学位于历史文化名城扬州，南通大学位于长江三角洲的南通。
学生生活
扬州大学和南通大学都提供丰富的学生生活和社团活动。
就业前景
两所大学的毕业生就业前景都较好，毕业生在江苏省内外都有广泛的就业机会。
其他因素
考虑个人兴趣和发展方向，以及学费与奖学金政策。
综上所述，扬州大学在排名、学科与专业、学校属性等方面通常被认为优于南通大学，但南通大学的医学院在国内有较高声誉。选择哪所大学还需根据个人的兴趣和发展方向进行权衡和选择