运输服务发票的抵扣流程通常包括以下几个步骤：
收集合法凭证
企业支付运输费用后，应向运输服务提供方索取合法有效的增值税专用发票。
发票信息核对
确保发票上的信息准确无误，包括运输服务的名称、数量、单价、金额、税率等。
网上认证
使用电脑联网和扫描仪，将发票通过“网上认证程序”进行扫描采集。
认证通过后，将信息发送给国税机关，并等待反馈。
信息填报
在纳税申报时，将认证通过的发票信息填报到相应的抵扣表格中。
抵扣申报
在进行增值税纳税申报时，将符合条件的运输费用作为进项税额进行抵扣。
注意事项
抵扣的进项税额必须用于生产经营所需，如属于集体福利或个人消费，则不能抵扣。
未注明旅客身份信息的票据（如手撕票）不能作为抵扣凭证。
取得的增值税电子普通发票，以及注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单、铁路车票、公路、水路等其他客票，均可按照发票注明税额进行进项税额抵扣。
请根据最新的税法规定和公告进行操作，因为税法政策可能会有更新变化。如果有任何疑问，建议咨询专业的税务顾问或直接联系税务部门获取最新信息