美国在二战期间没有选择东京作为原子弹攻击目标的主要原因包括：
避免对天皇和政府造成致命打击
日本天皇在日本国民中拥有极高的地位和影响力，是精神象征。
保留天皇体制有利于美国战后对日本的统治和安排。
战略考量
东京虽为日本首都，但经过之前的轰炸已经满目疮痍，攻击价值有限。
美国希望战后日本能成为其在东亚的盟友，保留天皇体制有助于达到这一战略目的。
减少抵抗意志
投放原子弹的目的之一是摧毁日本的抵抗意志。
攻击东京可能导致日本全民抵抗，增加美军伤亡，不符合美国战略利益。
人道主义考虑
保留一些城市的基础设施和发展潜力，有利于战后重建和人道主义考虑。
彻底摧毁首都将给当地居民带来灾难性后果，不符合国际社会的普遍价值观。
政治考量
美国需要赢得日本人的好感，保护天皇可以避免激起更广泛的抵抗和仇恨。
保留天皇体制有助于日本快速接受盟军占领，减少社会动荡。
军事目标选择
广岛和长崎作为攻击目标，是因为它们有重要的军事目标和集中的日军部队，同时没有盟军战俘，减少了对平民的伤害。
综上所述，美国选择不在东京投掷原子弹是基于多方面的战略、政治和人道主义考量。这一决策反映了当时国际政治的复杂性，以及美国对战后世界秩序的规划