光绪帝对翁同龢的恨意主要来自于以下几个方面：
甲午战争中的主战责任：
光绪帝认为翁同龢在甲午战争中的主战行为是出于私心，翁同龢将战争失败的责任推给了李鸿章，并指责慈禧太后挪用海军军费，这些行为加深了光绪帝对翁同龢的不满。
政治立场：
翁同龢在政治上摇摆不定，既受到守旧派的攻击，也被改革派指责。光绪帝对此感到失望，因为翁同龢没有坚定地支持变法事业。
个人行为：
翁同龢以帝师自居，在与光绪帝的争执中表现出跋扈的态度，甚至有持砚投光绪的行为，尽管这可能是孤证，但翁同龢的行为确实引起了光绪帝的反感。
权力斗争：
翁同龢与康有为的接触密切，翁同龢为了争宠向光绪帝进谗言，给光绪留下了出尔反尔的印象，这也是光绪帝不满翁同龢的一个原因。
翁同龢的晚年：
翁同龢晚年不仅失去了官职，还背负着罪名，朝廷没有给他拨安葬费，生活困苦，这也可能是光绪帝对他怀恨的一个原因。
光绪帝对翁同龢的清算是在慈禧太后去世后开始的，1908年光绪帝下令将翁同龢革职查办，并没收了他的财产。翁同龢的一生充满了矛盾和悲剧，他虽有渊博的学识和卓越的才华，但因思想的保守和优柔寡断，以及上述种种原因，最终成为了时代的罪人