横滨市立大学提供多个学科的专业，包括但不限于以下几个领域：
1. 管理学
2. 会计学
3. 经济学
4. 医学
5. 地域与政策课程
6. 社会与环境课程
7. 组织与人间课程
8. 企业与战略课程
9. 金融与会计课程
10. 法律学
11. 政治学
12. 欧美文学
13. 日本文学
14. 国际文化学
15. 现代社会学
16. 机械工学
17. 材料工学
18. 化学
19. 应用化学
20. 生物
21. 都市规划
22. 海洋空间设计
23. 地球生态学
24. 数理科学
25. 经济与法律综合
26. 艺术文化
27. 社会文化
此外，大学院设有以下研究科和专业：
国际综合科学研究科（博士前后期课程：生体超分子科学专攻、国际文化研究专攻、经营学专攻；博士前期课程：理学专攻、博士后期课程：纳科学专攻、生物科学专攻）
医学研究科（硕士课程：医科学专攻、4年制博士课程：生命分子情报医科学专攻、生体机能医科学专攻、生体系统医科学专攻）
横滨市立大学还拥有一些特色优势专业，如临床教育、教育学、心理学、日语、英语、社会、数学、理科、技术、家政、音乐、美术、保健体育、经济学专业、经营学专业、国际经济法学专业、国际社会科学研究科、机能发现工学、物理情报工学、MBA、系统综合工学、环境情报研究科、环境生命专业、环境系统学专业、传媒环境学专业、环境创新管理专业、环境风险管理专业、都市革新研究科、建筑都市文化专业、都市地域社会专业等。
特别值得一提的是，横滨市立大学的机器人学专业和航空学专业在全球具有较高声誉，提供设计、制作、编程、控制和管理等方面的知识和实践机会。