南宁铁路局是中国铁路集团有限公司管理的大型铁路运输企业之一，其机关设有多个行政职能部门，主要包括：
1. 办公室
2. 总工程师室
3. 安全监察室
4. 路风监察办公室
5. 运输处
6. 营销管理处
7. 机务处
8. 车辆处
9. 工务处
10. 电务处
11. 政策法规处
12. 干部处（党委干部部）
13. 劳动和卫生处
14. 计划统计处
15. 财务处
16. 审计处
17. 建设管理处
18. 房地产处
19. 物资管理处
20. 教育处
21. 人民武装部（人防战备处）
南宁铁路局下辖多个运输站段和辅助单位，具体包括但不限于直属站、机务段、客运段、货运中心、车务段、工务段、工务机械段、电务段、供电段、通信段、车辆段和动车所等。
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