公司害怕劳动仲裁的原因主要包括：
法律后果：
如果公司存在违法行为，劳动仲裁可能要求公司支付赔偿金、恢复员工权益等，对公司的财务状况和声誉造成影响。
经济成本：
劳动仲裁过程中，公司可能需要支付律师费、赔偿金等直接经济支出。
时间和资源消耗：
公司需要投入大量时间和资源来应对仲裁过程，包括准备证据、参加听证会等，这可能影响公司的正常运营。
声誉风险：
公开化的劳动争议案件可能会给企业带来社会形象的负面影响，降低消费者信任度。
劳动政策违反：
单位可能因违反劳动政策而受到惩处，劳动仲裁的监管和惩处力度较大。
举证责任：
在劳动仲裁中，企业通常需要承担较大的举证责任，如果不能提供有力证据，可能会承担不利后果。
程序耗时：
劳动仲裁案件从立案到结案通常需要较长时间，耗费公司的时间和精力。
影响招工和运营：
劳动仲裁可能影响公司的正常招工以及商业交易活动，对公司的长期发展造成不利影响。
舆论压力：
与员工的争议可能使公司在其他员工和外界（如仲裁员、调解员）中形象受损，增加舆论压力。
潜在极端行为：
公司还担心员工可能采取投诉举报、冻结账户甚至极端行为等反击措施。
需要注意的是，虽然公司可能害怕劳动仲裁，但劳动仲裁制度本身旨在保护员工的合法权益，并维护劳动关系的和谐稳定